Правка скина...

А ты нигде и не найдёшь конкретного ответа, даже автор скина не пожелает с этим связываться.
Проблема не простая, в двух словах дабы ты понял, не объяснишь, если никогда не редактировал скины.
Для полноценного ответа, требуется твой скин "разобрать по косточкам" изучить что и как прописал автор, какие граф элементы в каких папках, и в чём они учавствуют.
Многие элементы скина работают в динамическом режиме, и полная-видимая картинка, создаётся-формируется из нескольких граф элементов. (Бывает и в 1х1 пиксель)
К примеру: Кнопки страниц (табы)в основном состоят их 8 элементов (различного вида, цвета и размера в пикселях), но бывают и из 20..
Также и панели и фон окон и проч.

1. Можно сделать скин полность независимый от системных настроек win ? (цвет текста, фоны и т.д)

Полностью, маловероятно, а цвета текста и некотрых фонов можно (но, опять же, нужно конкретно копать твой скин)
Посмотри как прописаны в skin.ini цвета текста (Text color =.....) для разного режима кнопок страниц (табов)
Это подразделы [Pagebar Button .......] и их до ебм..
(Это, типа примера - По типу дописывать-изменять в нужных разделах - Определяться по названию..
к какому-что..)
2. Как сменить цвет заголовков в Mail (темно синий) ?

Найти в скине где прописан ненавистный тебе цвет в формате
Text color = #xxxxxx И, изменить на потребный.
Так же и с другими цветами шрифтов, а где не прописаны но нужны Text color =... дописывать.

Коды цветов (#XXXXXXX) определяются прямо из приложений, окон, по тексту.., на раб. столе и...(курсор на нужный пиксель - выдаётся код) спец утилитами, в них же, потребный код и берётся
(копируется куда потребно)
3. Как убрать "зебру" в Transfers, Mail и других окнах?

Найти в какой папке расположена графика вида "зебра" изменить на желаемуюю (Собственно эффект зебры или нечто подобное, может создаваться 1-2-3 и.. пикселями - Они клонируются (повторяются через...)
Расположена может быть в любой папке, также и количество элементов для отображения - Всё это По желанию авторов - Где угодно, сколь угодно (либо десятки, либо и один...)

Это всё времязатратно, и лично мне, не нужно Уж Извини.
Будет желание, изучай устройство скинов "По крохам"
У меня на это, неск. лет тому..., ушли месяцы (в свободнон от запоев время... :O) Но на все 100% так и не изучил - Но уже всё заброшено - Нет времени.
В разных скинах всё организовано по разному, даже от одного автора, А, от разных.., и говорить не приходится..(Единственное, одно для всех авторов скинов, условие - Прописываемые параметры должна понимать Opera.dll > Посему, готового рецепта быть и не может. По выданной ссылке - Это общие положения, мало понятные новичку от скинов.

PS
Думаю, мало что понял, НО, понял, что если очень хочется-нужно, придётся изучать скины, - А нет - придётся довольствоваться...
Можно сказать ещё, что бывает достаточно одного граф элемента в 1х1 пиксель, дабы перекрасить всю панель и даже Оперу.(Режим динамический - клонируется до размеров "На всю..." )
Некоторые граф элементы (в 1-2 пикселя), не каждый Граф. редактор увидит И т.д и т.п...
Проблем-заморочек с редактированием скинов(не говоря уже о создании) ДО...!!!